La historia se inicia en la población de Stamford, con un prólogo de tipo semi-humorístico. Allí aparecen los New Warrios irrumpiendo en una casa en donde se esconden varios supervillanos fugados de prisión. Dicha irrupción es acompañada por equipos de filmación que transmiten ene vivo la pelea como parte de un reality show televisivo. La pelea lleva a un enfrentamiento entre Namorita y Nitro afuera de una escuela primaria: mientras el camarógrafo sigue filmando, el villano utiliza su superpoder para generar una explosiónque destruye casi toda la ciudad. La trama gira entonces hacia un desarrollo de tipo dramático. Se genera un gran resentimiento público hacia los super héroes, que llevan a ataques vandalicos contra Toni Stark y la ntorcha humana. El gobierno de los Estados Unidos prepara un proyecto de ley por el cual todas las personas con superpoderes (tanto superhèroes como supervillanos) deberían registrarse ante las autoridades y responder por sus acciones. Dicha ley es conocida como "Acta de registro de superhumanos". Mientras varios superhéroes discuten qué postura tomar ante la misma, la directora de S.H.I.E.L.D Maria Hill reclama al Capitan America que lidere a las tropas y superhéroes que hagan efectiva la aplicación de dicha ley. El Capitán América se niega rotundamente, y escapa. En su lugar, Iron Man, Reed Richards y Henry Pym prometen su completo apoyo al proyecto.
El acta se formaliza como ley, y como consecuencia todos los superhéroes no registrados que son encontrados son detenidos. Sin embargo, varios intentos de detenciones son frustrados por el Capitán América, que reúne a un grupo de superhéroes opuestos al acta y que operan desde la clandestinidad. En este marco Spider-Man, convencido por Iron Man, se presenta en una conferencia de prensa en donde manifiesta su apoyo al Acta y se quita públicamente la máscara, revelando su identidad secreta como Peter Parker.
Para capturar a los superhéroes rebeldes, se monta una trampa con una situación de emergencia falsa que hace que los mismos se presenten en un sitio en donde son rodeados por los superhéroes registrados y las fuerzas de S.H.I.E.L.D. Tras disparar y dejar inconcientes a Capa y Wiccan (para evitar que éstos puedan teletransportar al grupo fuera de la trampa) Iron Man intenta negociar una solución pacífica al conflicto, ofreciendo al Capitán América y su grupo una anmistia si cesaran la resistencia y se registraran. El Capitán América finge aceptarlo y darle la mano a Iron Man, poniendo en cambio en su mano un dispositivo que haga funcionar mal su armadura, tras lo cual contraatacan. El combate es interrumpido de pronto por la aparición de Thor, que ataca a los rebeldes. La aparición de Thor, que al momento de la publicación de la historia se encontraba muerto, finaliza con un el tercer número. En el cuarto se descubre que no se trata del auténtico Thor sino de un cybord creado por Stark, Pym y Richards. Éste se descontrola y mata a Bill Foster durante la pelea. Ante esa situación, la mujer invisible protege al grupo y les permite escapar, mientras Cable utiliza sus habilidades telepaticas para manipular los poderes del aún inconciente Capa.
La muerte de Bill Foster afecta a los personajes de ambos bandos, generando deserciones en ambos equipos. Entre los rebeldes, Halcon nocturno y Estatura abandonan al grupo y se unen a Stark, al ver que la pelea puede llegar a niveles letales. Mientras que entre los registrados Spider-Man, la Mujer Invisible y la Antorcha Humana cambian de bando y se unen a los rebeldes, en desacuerdo con el uso del cyborg de Thor, la prisión en la zona negativa en donde se mantiene a los superhéroes detenidos y otras medidas tomadas por Stark. Todo esto motiva también que otros personajes que se mantenían neutrales, como Punisher o Pantera negra, se unan a las fuerzas del Capitán América. Para reforzar sus filas ante esta situación, Stark recurre a sumar supervillanos a su grupo, utilizando técnicas coercitivas invasivas para controlar su comportamiento.
Así como se creó un cyborg de Thor, comienza a crearse una gran cantidad de superhéroes nuevos. El proyecto es conocido como "Iniciativa de los 50 estados" y consiste en crear un grupo de superhéroes específico para cada uno de los 50 Estados de los estados unidos de america.
Punisher se infiltra en el Edificio Baxter y consigue información sobre cómo acceder a la prisión de la Zona Negativa, identificada simplemente como "42". Con la intervención de Hulking, que con sus poderes de metamorfosis asume el aspecto físico de Henry Pym y como tal logra acceso a las áreas de seguridad más importantes, se libera a todos los superhéroes encarcelados para que colaboren en la pelea final entre ambos bandos.
Pantera negra y Puñal detectan un intento de S.H.I.E.L.D de cerrar la entrada a la Zona Negativa, lo cual los dejaría atrapados en dicha dimensión. En consecuencia, en los segundos restantes Capa extiende su poder y realiza una teletransportación masiva, enviando a todos los superhéroes (de uno y otro bando) a la ciudad de Nueva York.
Con la apertura de las celdas y el uso de supervillanos, ambos bandos tenían cantidades de combatientes relativamente igualadas. Ambos bandos recibieron a su vez más refuerzos: las fuerzas del Capitán América contaron con las tropas de Namor, mientras que Stark igualó nuevamente la pelea con los superhéroes que se crearon para la iniciativa de los 50 estados mencionada (incluyendo una nueva intervención del cyborg de Thor, que es destruído por Hercules).
El nuevo enfrentamiento entre Iron Man y el Capitán América termina con una amplia superioridad de este último, pero antes de rematar a Stark mira a su alrededor y ve la destrucción generada por la pelea. Considerando haber estado equivocado todo el tiempo, arroja su escudo y su máscara, y permite ser llevado preso.
